Сюжет ролевой включает в себя все события 1 и 2 фильмов «Rebuild of Evangelion», содержит элементы 3 фильма.
Сюжет ролевой включает в себя все события с 1 по 12 серии аниме «Neon Genesis Evangelion».

... Зеруил поглощает Еву 00. Чтобы спасти Рей Аянами, Синдзи вызывает Третий Удар, который был подавлен в зародыше Евой 06 (пилот Нагиса Каору).
В СМИ просочились ранее засекреченная информация касательно работы «Nerv». Пошли разговоры "а не лучше ли прикрыть лавочку?". Чтобы успокоить общественность, было решено привести демонстрацию нового Евангелиона, целью которой было показать безопасность данных разработок. Но Ева неожиданно выходит из-под контроля и, сорвав всю демонстрацию, уходит крушить Токио-3 и пробиваться в Конечную Догму. Евангелион остановили и устранили, но невозможно было успокоить общество. В результате пилотов отстранили, а Евангелионы 00, 01 и 02 заперли.
В организации «Nerv» происходит раскол. Рицуко и Кадзи уходят в противостоящую организацию «Mind». Теперь между «Nerv» и ранее не проявляющей особой активности «Mind» развернута скрытая война. В связи с серьезными угрозами (Ангелы и организация-противник), число пилотов и, соответственно, Евангелионов было увеличено. Такие Евы стали называть серийными, ибо в них не существовали души. Синдзи, Рей и Аска также были вынуждены пересесть на серийные Евангелионы.

Краткий сюжет и итоги:

● Икари Синдзи и Аянами Рей спасаются из лап Ангела. Третий Удар останавливает в самом начале Нагиса Каору.
● Ранее засекреченная информация была выведена в СМИ. Общество взбунтовалось против Евангелионов с "душами", впоследствии чего Евы 00, 01 и 02 заперли, а пилоты пересели на серийные Евы.
● В «Nerv» происходит раскол, и к ранее не выходившей на мировую арену организации «Mind» присоединяются Рицуко и Кадзи. Между организациями ведется скрытая война + соревнование в борьбе против Ангелов.
● Синдзи, Рей и Аска остались в «Nerv». Нагиса и Мари переходят в «Mind». Обе организации активно набирают пилотов для серийных Евангелионов из школы 707.